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第一，关于中标人支付招标代理费约定的法律性质及分析。
《合同法》第六十五条规定：“当事人约定由第三人向债权人履行债务的，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。”而招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付，正是基于上述规定的“第三人代为履行制度”，属于“由第三人履行的合同”。
就招标代理费而言，招标代理机构是债权人，招标人是债务人，中标人（第三人）不因该合同的订立而负给付义务，因为“由第三人履行的合同”只在合同当事人之间有效力，中标人（第三人）并非合同当事人，故不能因之而直接承担义务。该约定的目的并不在于令中标人（第三人）负有履行的义务，只是约定由招标人使中标人（第三人）向招标代理机构代为履行债务，也就是说，该约定并未突破合同的相对性，也未构成债务转移。
民法学界普遍认为第三人是否存在、其是否有行为能力、其是否因另一法律关系而对债权人承担了“被担保的”履行，这对“由第三人履行的合同”的生效是无关紧要的。“由第三人履行的合同”生效要件是双方达成合意，即《合同法》第六十五条的“当事人约定”，这体现了当事人意思自治，符合合同自由原则。
招标人与招标代理机构就招标代理费的履行达成合意，约定由中标人履行债务，并未违反法律法规的效力性强制规定，法律当然要保护这种约定。实践中，该约定更有利于招标代理机构实现其债权。
业内有专家认为该约定的法律效力值得质疑，且不利于合同的履行。个人认为，其错解了该约定的法律性质，遗忘了合同自由原则。
第二，实务中需注意的问题。
出现中标人拒不支付、招标失败、废标等情形时，招标代理机构怎么收取招标代理费？根据《合同法》第六十五条，中标人不适当履行债务，或因招标失败、废标未能确定中标人的，招标人应向招标代理机构承担违约责任，支付招标代理费。况且，招标人与招标代理机构签订合同属于委托代理合同，当出现招标失败或废标的情形，若不可归责于招标代理机构的，根据《合同法》第四百零五条，招标人应支付相应的招标代理费。
此外，尚需指出，实践中有当事人之所以对该约定持否定性意见，除未能准确定性该约定的法律性质，还存在操作不够严谨、规范等原因。根据“由第三人履行的合同”的原理，招标代理机构并不享有直接对中标人（第三人）的履行请求权，这需要通过另一合同关系，即由招标人与中标人（第三人）之间的合同约定来实现。鉴于此，招标人应遵循诚实信用原则，在招标文件中明确规定应支付招标代理费的具体数额标准或计算方法、支付办法。若招标文件未作上述规定，中标人有权拒绝支付招标代理费。（卢海强）
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