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一、通常情况下，招标代理机构行使代理权限时，应当遵循以下原则：
1. 不得越权代理原则
在招标投标活动中，招标代理机构只能在招标人委托的权限范围内行使代理权限。招标代理机构不得越权代理，例如，不得代替评标委员会发出澄清或者对投标文件作废标处理、不得代替招标人确定中标人、未经授权不得发出中标通知书等。这是代理人行使代理权的基本要求。
2. 亲自代理原则
招标代理机构如果本身不具备代理资格的，应当拒绝委托。招标代理机构接受委托后，不能擅自将代理项目转委托给他人，如需转委托，必须经招标人同意。
3. 维护被代理人合法权益原则
招标代理机构不得因其代理行为由招标人承担法律后果，就可以违反法律的规定。招标代理机构从事代理行为时，必须严格遵守法律的规定，应当尽己所能的维护招标人的合法权益。招标代理机构从事违法行为的，其自身也将承担相应的法律责任（见下文）。这是招标代理机构的最基本的行为准则。
4. 禁止滥用代理权的原则
招标代理机构代理招标活动时，应当勤勉尽职，不得滥用代理权。例如，不得拒收符合条件的投标文件或者接收不符合条件的投标文件、不得在唱标时宣布某投标文件无效、不得延迟退还投标保证金及其利息等。
二、招标代理机构代理行为不当或者违反上述原则，将承担相应的法律后果：
1. 招标代理机构由于业务能力和经验水平的限制，给招标人带来损失，投标人等第三人向招标人索赔的，招标人首先应当先行赔付，取得追偿权，然后依据委托代理协议，向招标代理机构追偿。因此，招标代理机构给招标人造成损失的，最终损失将由招标代理机构承担。
2. 招标代理机构越权代理或者滥用职权，其代理行为无效。这种情况下，应当由招标代理机构直接承担相应法律责任，赔偿受害人的经济损失，与招标人无关。
3. 承担《民法通则》规定的招标代理机构（代理人）的4种连带责任：
（1）招标代理机构（代理人）和投标人（第三人）串通（例如，招标代理机构和投标人串通投标的行为），损害招标人（委托人）利益的，应当由招标代理机构（代理人）和投标人（第三人）向招标人（委托人）承担连带责任，这种情况下，招标人（委托人）可以向招标代理机构（代理人）主张损害赔偿，招标代理机构（代理人）不得拒绝。
（2）因招标代理权限（授权委托书授权）不明，给投标人（第三人）造成损失的，招标人（委托人）应当向投标人（第三人）承担民事责任，招标代理机构（代理人）负连带责任。这种情况下，投标人向招标代理机构主张损害赔偿的，招标代理机构应当先行赔付，获得追偿权后，可以依据委托代理协议，向招标人追偿。
（3）投标人（第三人）知道招标代理机构（行为人）没有代理权、超越代理权或者代理权已经终止还与招标代理机构（行为人）实施民事行为，给招标人或其他投标人（他人）造成损失的，由投标人（第三人）和招标代理机构（行为人）负连带责任。例如，投标人明知招标代理机构代理权限终止，依然参加招标代理机构冒名组织的招标活动的投标并且中标，给被冒名的招标人和其他不知情的投标人造成损失的。这种情况下，招标人或者其他投标人向招标代理机构主张损害赔偿的，招标代理机构应当先行赔付，获得追偿权后，再根据过错程度，向有过错行为的投标人追偿。
（4）招标代理机构（代理人）知道被委托的事项违法仍然进行代理活动的，或者招标人（委托人）知道招标代理机构（代理人）的代理行为违法不表示反对的，由招标人（委托人）和招标代理机构（代理人）负连带责任。例如，招标代理机构按照招标人的授意组织虚假投标，或者招标人明知招标代理机构与投标人串通投标而不加以制止，继续招标活动的。这种情况下，其他无过错的投标人可以向招标代理机构主张损害赔偿，招标代理机构应当先行赔付，获得追偿权后，再根据过错程度，向招标人追偿。
需要说明的是，上述招标代理机构的法律责任主要是民事法律责任，除此以外，招标代理机构因其违法行为还有可能承担行政法律责任和刑事法律责任。主要的行政法律责任和刑事法律责任参见本条例第63条、第64条、第65条、第66条、第70条、第73条的相关规定（除第65条是针对招标代理机构的法律责任外，其他条款是关于招标人的法律责任。由于招标投标法第15条以及本条例规定，招标代理机构应当遵守关于招标人的规定，这些法律责任条款也同样适用于招标代理机构。） 。
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